Die Margarethenkapelle gehört der Gemeinde Schwifting. Sie wurde 1719 von Grund auf neu errichtet. Es gab mindestens zwei Vorgängerkapellen, die bis in die Spätromanik zurückreichen.
In den Jahren 1976 bis 1986 wurde die Kapelle umfassend renoviert, wobei sich herausstellte, dass der gesamte Innenraum mit den drei Altären seit dem Neubau unverändert geblieben war. Der Choraltar zu Ehren der hl. Jungfrau und Märtyrerin Margareth wie auch die beiden Seitenaltäre – links Maria, rechts Sebastian und Rochus – sind von Caspar Schäffler aus Oberfinning gebaut und gefasst. Das Hauptaltarbild ist signiert von Mathias Pusjäger (1722) aus Rottenbuch. Auf den Seitenaltären stehen Halbfiguren Anna mit Maria und Josef mit dem Kind von Johann Luidl.
Sowohl im Kreisheimatbuch von 1982, wie auch heute noch im Dehio, wird behauptet, dass das Deckenbild wie im Hauptaltar die heilige Margaretha zeigt. Tatsächlich ist es unverkennbar und seit dem 18. Jahrhundert Maria mit dem Sternenkranz und auf der Mondsichel stehend, die der Schlange den Kopf zertritt.
Seit 2014 schmückt die Südwand die konservierte Jakobstafel aus dem Jahr 1616 mit der Darstellung des Hühnerwunders. Da die rücksichtslose Haltung des Landesamtes für Denkmalpflege nicht zuließ, die Bilder wieder "lesbar" zu machen, wurde durch den Kunstmaler Franz Rottenkolber auch hiervon eine Kopie angefertigt, die nun unterhalb des Originals hängt.
Ebenfalls im Eigentum der Gemeinde ist die unscheinbare Jakobskapelle im Dorf an der Landsberger Straße. Von ihr ist eigentlich nur bekannt, dass sie 1614 von Hans Sedlmayr - einem Schwiftinger Bauern - erbaut wurde. Die bescheidene Einrichtung wurde vor einigen Jahren mit Gegenständen aus der Pfarrkirche ergänzt. Die Votivtafel mit der Jakobslegende aus dem Jahr 1616 gehörte ursprünglich zu ihrer Ausstattung. Der bauliche Zustand der Kapelle lässt es aber noch nicht zu, sie hier aufzuhängen. Diese Tafel kann ein Hinweis darauf sein, dass Schwifting einst an einem "Jakobsweg", einem Wallfahrtsweg nach Santiago di Compostela, lag.